Plateforme Marseille Stem Cells (MaSC)
La plateforme Marseille Stem Cells (MaSC) réalise le reprogrammation cellulaire, l'isolement, la caractérisation et le contrôle qualité des cellules souches pluripotentes humaines, tout en assurant la formation des utilisateurs. Elle participe également au développement technologique, notamment par l’adaptation à de nouvelles techniques de reprogrammation ou l’optimisation des protocoles de différenciation. La plateforme hiPSCs a bénéficié de plusieurs subventions, notamment de l’Association Française contre les Myopathies (AFM), de la Fondation pour la Recherche Médicale (FRM) et de la Fondation Aix Marseille Université. La plateforme MaSC est associée à plusieurs programmes de recherche menés par des membres de notre unité (AFM, ANR, A*Midex…) et a récemment obtenu un label d’Aix Marseille Université. La plateforme est ouverte aux utilisateurs externes pour des formations, des reprogrammations à la demande ou la production de cellules différenciées destinées à la modélisation de maladies, au criblage de médicaments, etc.
Plateforme ReMap
ReMap a pour objectif de fournir les plus grands catalogues de régions régulatrices de haute qualité, résultant d'une analyse intégrée à grande échelle de centaines de facteurs de transcription et régulateurs provenant d'expériences de liaison à l'ADN chez l'Homme et l'Arabidopsis. Dans la mise à jour 2020 de ReMap, nous avons collecté, analysé et retenu, après un contrôle de qualité, 2764 nouveaux ensembles de données ChIP-seq humaines et 208 ensembles de données ChIP-exo disponibles à partir de sources publiques. L'atlas humain mis à jour totalise 5798 ensembles de données couvrant un total de 1135 régulateurs transcriptionnels (TRs) avec un catalogue de 165 millions de pics. Tous les catalogues sont accessibles via des hubs de pistes sur les navigateurs Ensembl et UCSC Genome. De plus, ReMap propose un nouveau cadre web avec une interface utilisateur interactive, incluant des fonctionnalités de recherche améliorées. Enfin, un accès complet aux données sous-jacentes est disponible via une API RESTful, accompagnée d'une nouvelle interface R Shiny pour un outil d'analyse d'enrichissement de la liaison des TRs.
Plateforme de Phénotypage Animal (APP)
La plateforme de Phénotypage Animal (APP) est une structure dédiée à l'étude des modèles animaux (poissons-zèbres et souris) de troubles génétiques. Elle fournit aux chercheurs des équipements de pointe pour l'identification et l'étude des modèles murins de maladies humaines. Elle établit également des protocoles pour le phénotypage de modèles particuliers à travers des expérimentations fonctionnelles. La promotion des opportunités de formation pour les étudiants diplômés et les post-doctorants fait également partie de notre mission. Le laboratoire est entièrement équipé pour répondre aux besoins des chercheurs dans l'évaluation du comportement animal (Morris water maze, open field, Cat-Walk (système d'analyse de la démarche), T-maze, viewpoint...), ainsi que d'autres paramètres physiologiques (test de force de préhension, pléthysmographe, phenorack...), et pour réaliser des interventions chirurgicales sur les animaux.
